Pemerintah, dalam hal ini Kementerian Perhubungan, hanya bertindak sebagai regulator yang mengatur trase dan izin proyeknya. Dia mengatakan, pihaknya hanya bertugas untuk mengatur trase yang akan dilalui proyek tersebut.
Diberitakan Harian Kompas, 1 Februari 2016, izin trase dari Kementerian Perhubungan sempat terkatung-katung lantaran Jonan belum menerbitkan izinnya. Menurutnya, alasan belum keluarnya izin, karena dirinya tegas mengikuti koridor regulasi.
"Saya kira publik tidak pernah memahami UU No 23/2007 tentang Perkeretaapian dan peraturan menteri yang mengikutinya. Kalau mereka tahu, mereka akan mengerti saya hanya menjalankan undang-undang," kata Jonan saat itu.
"Mereka sebagai pengusaha tentu akan minta kemudahan sebanyak-banyaknya. Kementerian BUMN tentu minta sebanyak-banyaknya, kita yang harus mengaturnya," tambahnya.
Dia menegaskan, pihaknya sama sekali tidak mempersulit perizinan kereta cepat. Asalkan, semua persyaratan bisa dipenuhi.
Baca juga: Dilema Kereta Cepat: Turun di Padalarang, Naik KA Lagi ke Bandung
"Baca dong Perpres No 107/2015. Di situ tercantum Kemenhub harus menegakkan perundangan yang berlaku. Saya dukung kereta cepat agar cepat terbangun. Jika semua dokumennya siap, dalam waktu satu minggu, izin akan keluar. Pokoknya Kemenhub tidak akan mempersulit, tetapi juga tidak akan mempermudah," ungkapnya.
Waktu itu, menurut Jonan, PT Kereta Cepat Indonesia China atau KCIC belum sepakat dengan Kementerian Perhubungan dalam soal konsesi.
"Menurut laporan, belum ada kesepakatan. Prinsipnya memang harus ada konsesi. Menurut Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2007 tentang Perkeretaapian, kereta yang dibangun bukan oleh pemerintah harus melakukan perjanjian konsesi," ujar Jonan.
Menurut dia, pemerintah memberikan hak pengoperasian dan pembangunan kereta. Menteri Perhubungan mewakili negara. Konsesi diberikan maksimum 50 tahun sejak ditandatangani kontrak konsesi, bukan sejak pertama kali operasi.
Baca juga: Pemerintah Bakal Suntik Proyek Kereta Cepat Jakarta-Bandung Rp 4,3 Triliun
"Kami tidak mau mengulang kejadian di jalan tol, yakni pemegang konsesi tidak segera membangun jalan tol dan konsesi berlaku sejak pertama kali beroperasi. Akhirnya pemerintah tersandera. Kalau minta 50 tahun dan bisa diperpanjang, tidak saya berikan," kata Jonan,
"Alasannya, konsesi ini gratis. Mereka tidak bayar sepeser pun. Konsesi di kereta berbeda dengan konsesi di laut dan udara. Kalau di laut, pemegang konsesi harus bayar 2,5 persen, sedangkan di kereta tidak ada fee konsesi," katanya lagi.
Dikatakan Jonan, saat itu, tidak ada jaminan negara sama sekali. Apabila pembangunan dan pengoperasian berhenti di tengah jalan, pemerintah tidak akan ambil alih.
Saat masa konsesi selesai, semua infrastruktur yang dibangun harus diserahkan ke negara dalam kondisi fit and clear, artinya tidak dijaminkan ke pihak lain dan layak operasi.
"Kalau proyek berhenti di jalan, izin akan dicabut dan mereka wajib mengembalikan kondisi alam yang telah mereka pakai ke kondisi semula. Supaya tidak seperti monorel di Jakarta. Kalau prinsip ini sudah disepakati, konsesi bisa diberikan," tegas Jonan.
Sedari awal, proyek Kereta Cepat Jakarta Bandung itu tidak banyak melibatkan seorang Jonan. Proyek ini murni proyek bisnis BUMN Indonesia dan China. Tak ada dana APBN sesuai janji pemerintah saat itu. Programnya pun tak tercantum di Kementerian Perhubungan kala itu.